Çiftçi bir baba ile ev hanımı bir annenin beş çocuğunun en büyüğüydü. Kahire Üniversitesinden Mühendislik lisansını alan Mursi, aynı zamanda hafızdı. Doktorasını Güney Kaliforniya Üniversitesinde alan Mursi, yardımcı doçentliğini de Northridge Kaliforniya Eyalet Üniversitesi'nde alarak eğitim vermek için Mısır'daki Zagazig Üniversitesi'ne geldi. Başarılı bir öğrencilik hayatı geçiren Mursi, burslu olarak eğitim hayatını tamamladı.
Libya'daki Trablus Üniversitesi, Kahire Üniversitesi, Zagazig Üniversitesi, Güney Kaliforniya Üniversitesinde çalışmalar yapmış olup "Zemin Sertleşme Çözümleri" alanında onlarca çalışması yapan Mursi, Zagazig Üniversitesi'nde eğitim heyetine üye olarak seçilmiştir. NASA’da da görev yapan Mursi, Metalurji alanındaki tecrübesini burada kazanmış ve çeşitli buluşlarda katkıda bulunmuştur.
İdeolojik bakımdan yakın olduğu Müslüman Kardeşler hareketi içerisinde siyasete atıldı. Mursi 2000 ve 2005 yılları arasında milletvekili oldu. Müslüman Kardeşler'in yasal olarak seçime katılmaları mümkün olmadığından parlamentoya bağımsız siyasetçi olarak girdi. Tam 5 yıl Mısır Halk Meclisi üyeliği yaptı. 2011 Mısır Devrimi'ne muhalif bir lider olarak destek verdi ve 30 Nisan 2011 tarihinde Müslüman Kardeşler'in kurduğu, Özgürlük ve Adalet Partisi'nin başkanı seçildi.
2012 Mısır Cumhurbaşkanlığı seçimlerinde Müslüman Kardeşler'in aday gösterdiği Hayrat Şatır'ın adaylığı düşünce, yerine Muhammed Mursi seçildi. Yoğun seçim kampanyası yürüttü. İlk turda %25.5 oy aldı ve ikinci tura girmeye hak kazandı. İkinci turda da %51.73 oy alarak, 5. cumhurbaşkanı oldu.
2012–13 Mısır protestoları adıyla bilinen, 3 Temmuz 2013 tarihinde yapılan büyük gösteriler sonucu Mısır ordusu askeri bir müdahale ile yönetime el koydu. Mursi ise darbeyi kabul etmediğini açıkladı ve yandaşlarına direnmelerini söyledi. Muhammed Mursi'nin gözaltına alındığı, ev hapsinde tutulacağı bildirildi.
16 Mayıs 2015 günü mahkeme tarafından idam cezasına çarptırıldı. 16 Haziran 2015 günü hakkında açılan "casusluk" davasından müebbet hapse mahkum olurken, "cezaevi baskınları" davasında ise mahkeme idam kararını onadı.
Mısır’ın binlerce sene öncesine, Firavunlar zamanına uzanan tarihi boyunca ilk defa gerçek bir seçimle işbaşına gelen ve iktidarda daha bir senesini dolduramadan devrilen, hem de ordunun başına bizzat getirdiği kişiler tarafından alaşağı edilen seçilmiş Cumhurbaşkanı Muhammed Mursi vefat etti. Ölüm nedeni hakkında henüz bir açıklama yapılmadı ve herhalde daha uzun müddet yapılmayacak.
Mursi, O başta Mısırlılar olmak üzere tüm Müslümanları üzerek gitti. O, ümmetin Mısırda ki sesiydi. O Bir Seçilmiş Cumhurbaşkanıydı. O bir hafızdı. Allah rahmet eylesin. Ruhun şad mekânın cennet olsun, Kuranın sırrına eren büyük insan.
Türk milleti olarak bu işin peşini asla bırakmayacağız. Mısır SİSİ'nin olmadı, olmayacak. Sen ilk adımı attın Mısırlılar devamını getirecek.
